为什么日本才十二个行政机构？
1、因为日本是一个“小政府，大市场”的国家。 所谓“小政府”，就是说政府的职能被限制得很窄（与西方国家相比）；“大市场”指的是市场在日本经济中扮演着重要角色。这导致了两个结果：一是市场经济体制比较健全，市场秩序良好，二是政府对经济的干预程度很低，市场在资源配置中起决定性作用。
2、日本的中央政府只有11个部和一个厅，即内阁府、总理府、外务省、大藏省(财政部)、法务省、厚生劳动省、文部科学省、农林水产省、经济产业省、环境省和防卫省以及总务厅。此外还有国铁(现在的JR集团)和国土交通省(原国土建设省)，这两省实际上也归中央政府管。这样加起来是13个中央级行政机关。
3、除中央政府外，日本政府机构还包括47个都道府县政机关和5000多个町村镇乡等基层政权组织，这些基层政权隶属于地方自治体，受都道府县公共团体的领导。
那么，为什么要设立这么多层级繁多的政府机关呢？原因是多方面的！
第一，二战后，美国为了控制日本，迫使日本修改了宪法，允许设立五院制政府机构，而各院必须相互制衡，这一点与我们不同。所以，从立法、司法到行政，各方面的利益都要得到体现，因此就设立了这么多政府机构。
第二，战后日本经济高速增长，各行各业都需要国家来引导、规划，因此政府就必须加强干预，发挥“看得见的手”的作用，这样就导致政府机构不断增多。
第三，日本是个群岛型国家，各个岛屿之间相隔距离遥远，地理条件复杂多样，因此需要地方政府发挥积极主动的作用，进行具体指导，这就导致了地方政府的权力偏大，而在中央则主要依靠立法和财政来加以制约。
第四，战后的日本社会处于高度稳定状态，少民抗议、罢工等事件极为罕见，这使得自民党在长期的一党执政情况下，不用通过多党竞争的方式来产生政府，从而减少了机构设立的困难。